docs: Java 구현 주석과 흐름 설명 보강

[Gimini-3]

변경 내용

• Java 클래스와 주요 메서드의 역할, 책임, 경계를 설명하는 주석을 보강했습니다.
• 업로드, 파싱, 임베딩, 워커, 동기화, 권한, 검색 흐름에는 순서가 드러나도록 번호 주석을 정리했습니다.
• 오래된 저장소, 파일 형식, 권한, 벡터 검색 설명을 현재 구현에 맞게 수정했습니다.
• 기존 PR #310과 동일한 코드 변경을 16개의 도메인·실행 흐름별 커밋으로 세분화했습니다.

검증

• ./backend/gradlew -p backend compileJava 성공
• git diff --check 성공
• 기존 PR 브랜치와 backend/src/main/java 내용 동일 확인
• 전체 테스트는 이전 실행에서 1,064개 중 86개가 테스트용 PostgreSQL localhost:55432 연결 실패로 실패했습니다.

제외

• 로컬에서 수정 중인 .env.example과 .gitignore는 포함하지 않았습니다.

[coderabbitai]

Important

• 🔍 Trigger review

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⚙️ Run configuration

Configuration used: Path: .coderabbit.yaml

Review profile: CHILL

Plan: Team

Run ID: a60a72cd-3a85-4112-9f34-63263b695533

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_{Comment @coderabbitai help to get the list of available commands.}